Su nombre se debe al célebre San Emiliano, Millán llamado por el pueblo, cuyo monasterio es una de las referencias más constantes de la Cultura y del Monacato en los siglos medievales de Castilla.
Históricamente cabe destacar el Monasterio de San Cristóbal y la Iglesia de Santa María, la vieja, que estaba junto al monasterio. Algunos poblamientos que fueron absorbidos en el Medioevo y engrandecieron a San Millán fueron: Molintejado, a 1600 metros al S.SE de San Millán; Quintanilla de la Vega, situada a 700 metros al N.NO, en el margen derecho del río Arlanzón (se la cita en documento de 15 de Enero del año 1164). San Andrés de Juarros, a 700 metros al S.O, en torno a un puente sobre el río Cueva, que lleva su nombre. Villasandino, situada a unos 500 metros del puente sobre el Arlanzón, en el paso que dicen de Santa Coloma, aparece citada en documento de 1208 y 1209.
San Millán de Juarros halló trabajo en el monasterio; sostenía un hospital y el puente de 13 arcos sobre el Arlanzón que tanto beneficiaba a los pueblos.
Aunque San Millán tenía una población alta, se unió administrativamente al Ayuntamiento de Ibeas de Juarros. Por último, cabe destacar la importancia histórica y económica que para San Millán de Juarros tuvieron el puente de San Andrés y el río Arlanzón.
La pieza fundamental fue el monasterio de San Cristóbal, de fecha incierta, y seguramente creado como un monasterio familiar. En esa época cualquier creyente podía alzar una iglesia o monasterio aportando bienes. Sólo necesitaban tres personas que se comprometieran a vivir bajo una regla monástica y en la obediencia de uno de ellos, sacerdote denominado abad.
Así nació, hacia el año 970, el monasterio cercano a San Adrián, que dio origen al nombre de este pueblo, dos leguas al SE de San Millán y que luego fue absorbido por el monasterio de San Cristóbal. Dicho monasterio recibió numerosas donaciones y los abades se sucedieron. En 1151 entregaron el monasterio de San Cristóbal a la Orden Blanca De Premontré o de San Norberto, llamados en España Premostratenses. De Francia vinieron los fundadores trayendo libros litúrgicos, códices y otros valores.
La presencia de los monjes fue intensa en Juarros. Las principales parroquias fueron regentadas por ellos. El convento no fue grande ni suntuoso, pero si lo suficientemente bueno en varios ciclos artísticos para lamentar su desaparición a mediados del siglo XIX. San Millán de Juarros halló trabajo en el monasterio; sostenía un hospital y el puente de 13 arcos sobre el Arlanzón que tanto beneficiaba a los pueblos.
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